Japans största två flygbolag, ANA Holdings och Japan Airlines, ställer in flyg till Europa under torsdagen.
Det rör sig både om passagerarplan och fraktflyg, som normalt tar rutten över Ryssland. Skälet uppges vara säkerhetsläget.
Bolagen överväger alternativa flygvägar, som till exempel över Alaska.
Japan är inte med på listan över de 36 länder som Ryssland portat från sitt luftrum.